项目公司是否能健康运行，是PPP项目成败的关键。在PPP模式下，出现了大量的合资公司、混合所有制公司，项目公司是资本的融合、制度的融合、人才的融合和所有制的融合。达到高效的融合，要求项目公司具备良好的公司治理结构。合理的公司治理结构是项目公司健康运行的保障。同时，在国家推行国有企业改革、推行混合所有制企业的背景下，完善项目公司的公司治理，具有重要的现实意义。
公司治理，即法人治理结构，是现代企业制度中最重要的组织架构，是公司所有权与经营权分离情况下形成的相互制衡关系的结构性制度安排。公司治理，必须建立在依法合规的基础上，PPP模式下的项目公司一般为有限责任公司，要建立权责明确、规则可行、层次清晰的治理结构。以下为按《公司法》整理的公司治理结构和体系：
国家发改委《政府与社会资本合作项目通用合同指南(2014年版)》中，对项目公司进行了约定：
如以设立项目公司的方式实施合作项目，应根据项目实际情况，明确项目公司的设立及其存续期间法人治理及经营管理机制等事项，如：
1、项目公司注册资金、住所、组织形式等的限制性要求。
2、项目公司股东结构、董事会、监事会及决策机制安排。
3、项目公司股权、实际控制权、重要人事发生变化的处理方式。
从这个PPP的部门规章也反映出项目公司必须建立现代企业制度下的公司治理结构，而现代企业制度的核心是“明晰的股权、规范的董事会、有权责的经营管理层”
从公司治理的层面来讲，PPP项目公司不同于其它经营性公司有以下几点：
1、社会资本享有项目公司的控制权
根据财政部2014年12月30日颁布的《PPP项目合同指南(试行)》中规定“政府在项目公司中的持股比例应当低于50%、但不具有实际控制力及管理权”，社会资本在项目公司中享有了控制权和管理权。
政府让渡控制权利，是对政府现阶段的财力、对资本的吸引力的综合考虑，同时，可以使政府脱离微观事务，达到政府的效率、资本的效率双重提升的效果。另外，项目公司的这种控制权分配机制，是符合PPP风险分配原则的，社会资本享有充分经营管理权，通过对人事、财务、收益分配具体的管理，不仅能充分发挥社会资本在投融资、建设、运营维护等方面的优势，而且能有效控制所承担的商业风险。
2、政府享有项目公司的监管权
PPP项目提供的是公共产品和公共服务，项目公司不仅对投资负有经济责任，而且须对政府和社会公众承担政治责任和社会责任。政府出资代表人在涉及公共安全和公共利益事项的表决中具有一票否决权。政府方通过向项目公司委派董事、监事、高管，实现对管理过程的监管;通过委派财务人员，实现对资金使用的监管。投资人的利益，项目公司的财务目标，需要在监管的体制下实现。
在现代企业制度下的公司治理中，控制权和监管权是通过表决权实现的。股东会应表决的事项有：修改公司章程、增加或减少注册资本、改变公司形式、公司的合并、分立、解散等，此时的表决权与股权比例一致。董事会表决的事项有：投融方案、年度财务预算和决算、内部管理机构设置，聘任或解聘公司总理、薪酬方案、基本管理制度等，此时的表决权是通过股东在董事会中占有的席位来实现的。
总经理办公会表决的是与经营管理相关的事项，表决权通过股东在公司经营管理层中所占的票数实现的。一般情况下，某个事项的决策需要2/3以上的表决权才能被通过，因此，持股比例在67%以上的股东为绝对控制者，持股比例为51%以上的为相对控制者。
在PPP项目公司中，政府出资人代表股权比例较小，多数情况下为参股，但政府方为了避免项目公司获取超额利益或损害公共利益，在公司章程中会制定特别条款，赋予政府出资人代表一票否决权，所以社会投资人的控制权也是相对，要在监管的体系下行使控制权。另外，当社会资本为非单一投资人时，投资人之间需共同分享控制权。
总之，理解了控制权和监管权在政府与社会资本之间是如何分配的，理解了控制权在社会资本中的不同投资人之间是如何分配的，才能在PPP项目公司的治理中做到依法治企，依章办事，才能达到管理的高效。
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