针对私募股权投资基金这一特殊业态的税收政策，一直有待明确和完善。有税务人士此前撰文表示，私募股权投资基金在存续期如果前期投资项目退出时盈利、后期项目均亏损，会导致前期盈利时，各合伙人按照税法要求，计算当期应纳税所得额，缴纳相关税收;后期项目出现亏损，合伙企业的亏损却不能与合伙人主营业务所得合并计算应纳税所得。如果合伙人为自然人，前期出现盈利，应按税法缴纳个人所得税，后期出现亏损，则无处弥补，也不能退税。基于此，不论合伙企业的合伙人是法人、其他组织，还是自然人，现行的税收政策都不利于私募股权投资基金的发展。
实际上，由于对规范行业发展具有重大意义的《私募投资基金管理暂行条例》一直没有推出，公司型和合伙型私募基金被作为一般工商企业征税，因而无法解决公司型私募基金的双重征税问题和合伙型私募基金所得性质的彻底穿透问题。
业内也一直呼吁，推动为公司型、合伙型等各种组织形式私募基金创造公平税收环境，推动完善细化创业投资基金税收优惠政策。多年前，国家税务总局相关人士就表示，我国已制定了对政策性投资基金、公募基金的专门税收优惠政策，考虑到税收中性原则，应该也对私募股权投资基金制定专门的税收政策。
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